載體DNA的保護傘——Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase

酶是生物體非常重要的一類(lèi)蛋白質(zhì)，之前小達君給大家安利了Lucigen的RNase R（RNase R——RNase家族的“外貌協(xié)會(huì )成員")、CircLigase? II ssDNA Ligase（“單鏈DNA環(huán)化連接酶——CircLigase? II ssDNA Ligase”）和Fast-Link? T4 DNA Ligase (五分鐘完成粘末端連接？Fast-Link? DNA Ligation Kit，您值得擁有！)，今天繼續給大家介紹一款特色的DNA外切酶，以去除Fosmid等文庫純化過(guò)程中細菌基因組DNA的污染，一起來(lái)了解下吧~

Plasmid-Safe?ATP-Dependent DNase在弱堿性pH值條件下，能消化線(xiàn)性雙鏈DNA為脫氧核苷酸。它對于環(huán)狀或線(xiàn)性單鏈DNA效率較低，并且對于缺口或閉環(huán)的雙鏈DNA或超螺旋DNA沒(méi)有活性。

在質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體等載體DNA的制備過(guò)程中，使用堿裂解法會(huì )產(chǎn)生細菌染色體DNA片段的污染。如果使用某些方法沒(méi)有有效的去除污染DNA，那么污染的DNA會(huì )連接入克隆載體導致假陽(yáng)性，高背景或錯誤的測序結果。實(shí)驗室常規方法，如純化柱或氯化銫離心不能有效的去除這些污染，因此還需要進(jìn)一步的純化。而Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase可以選擇性的去除質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體制備中污染的細菌染色體DNA（圖1）。因此，Plasmid-Safe? ATP-Dependent DNase是純化質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體的理想選擇。 

應用：

• 在大規模質(zhì)粒，粘粒和BAC克隆載體制備中去除污染的細菌染色體DNA

• 消化線(xiàn)性DNA而不消化帶切口或閉環(huán)的dsDNA或超螺旋DNA（質(zhì)粒，fosmid等）

• 用作質(zhì)粒，粘粒，fosmid，BAC載體和克隆制備物的最終純化步驟

• 保護環(huán)狀dsDNA

測試結果：

△圖1. 從質(zhì)粒制備物中去除污染的基因組DNA效果圖

泳道1：3ug的Sma I消化的細菌染色體DNA；

泳道2：500ng的未被切割的質(zhì)粒DNA；

泳道3：Plasmid-Safe? DNase處理前，3ug的消化的染色體DNA和500ng未消化的質(zhì)粒DNA；

泳道4：Plasmid-Safe? DNase處理后的染色體DNA和質(zhì)粒DNA混合物；

泳道M：Kilobase ladder；

△圖2.消除產(chǎn)生白色菌落的線(xiàn)性DNA

3ug的EcoR I消化的細菌基因組DNA中加入2ug含有lacZ的超螺旋質(zhì)粒載體。取一半混合物用Plasmid-Safe? DNase處理；另一半不處理，作為對照。待Plasmid-Safe? DNase熱滅活后，將DNA用EcoR I處理，然后用T4DNA連接酶連接過(guò)夜，并轉化到感受態(tài)細胞中，鋪至含有IPTG/X-gal培養基上。用Plasmid-SafeDNase處理的DNA，只有1-3％菌落呈白色，而對照DNA白色菌落數大于50％。利用Plasmid-Safe? DNase能消除幾乎所有的線(xiàn)性DNA。

產(chǎn)品信息：

美國Lucigen公司成立于1998年，提供各類(lèi)用于分子生物學(xué)相關(guān)產(chǎn)品，可以使研究者成功克隆較難克隆的基因，其在2016年收購了Illumina旗下Epicentre產(chǎn)品線(xiàn)。目前產(chǎn)品類(lèi)別主要包括：體外轉錄、基因克?。˙AC克隆試劑盒）、感受態(tài)細胞（TG1噬菌體文庫構建感受態(tài)）、體外擴增、轉座子突變、蛋白表達、文庫構建等。