如何做好逆轉錄PCR(二)--提高RT-PCR的特異性

念念不忘，必有回響~繼如何做好逆轉錄PCR（一）——影響逆轉錄的重要因素（往期微信鏈接）后，小達君又來(lái)繼續跟您叨叨逆轉錄PCR那點(diǎn)兒事了——如何提高RT-PCR的特異性。

一、引物選擇

cDNA第一鏈合成的起始可以使用三種不同的方法：隨機引物法、oligo（dT）引物法和基因特異性引物法。各種方法的相對特異性影響了合成的cDNA的量和種類(lèi),特異性低的引物，合成的cDNA的量會(huì )比較大，種類(lèi)也比較雜。

(一)隨機引物法

隨機引物是堿基序列具有隨機性的寡核苷酸，其長(cháng)度通常為6個(gè)核苷酸，能夠與樣品中所有類(lèi)型的RNA結合。當特定的mRNA由于含有使反轉錄酶終止的序列而難以拷貝全長(cháng)序列時(shí)，可采用隨機引物來(lái)拷貝全長(cháng)mRNA。隨機引物法是三種方法中特異性最低的。使用此方法時(shí)，體系中所有的RNA分子都充當了合成cDNA第一鏈的模板，合成的cDNA中96%來(lái)源于rRNA。

(二)Oligo(dT)法

Oligo（dT）引物由12-18個(gè)脫氧胸腺核苷酸組成，能夠與真核mRNA的Poly(A)尾部相結合。這種引物適用于以真核mRNA為模板構建cDNA文庫、全長(cháng)cDNA克隆，不適用于以降解的RNA為模板進(jìn)行逆轉錄。由于Poly(A) RNA僅占總RNA 的1-5%， 故這種引物合成的cDNA比隨機引物法得到的cDNA在數量和復雜性方面均要小。這種方法比隨機引物的特異性高。

(三)特異性引物法

特異性引物法是特異性最高的一種方法，該方法中的引物含有與目標RNA序列互補的寡核苷酸，用此類(lèi)引物僅合成所需的cDNA。

二、提高逆轉錄保溫溫度

較高的保溫溫度有助于RNA二級結構的打開(kāi)。對于多數RNA模板，在沒(méi)有緩沖液或鹽的條件下，將RNA和引物在65℃保溫，然后迅速置于冰上冷卻，可以消除大多數二級結構，從而使兩者可以結合。然而，某些模板仍然會(huì )存在二級結構，即使熱變性后也是如此。較高的保溫溫度可以提高特異性，尤其在使用基因特異性引物進(jìn)行cDNA合成時(shí)。

三、使用具有較高熱穩定性的逆轉錄酶

熱穩定逆轉錄酶可以在較高溫度下保溫，以提高cDNA合成的特異性。舉個(gè)栗子，如果一個(gè)基因特異性引物（GSP）的退火溫度為55℃，那么使用AMV或M-MLV在37℃進(jìn)行逆轉錄，GSP所帶有的特異性就沒(méi)有完全利用。然而， 某些具有強熱穩定性的逆轉錄酶可以在50℃或者更高的溫度下進(jìn)行反應，這就會(huì )消除較低溫度時(shí)產(chǎn)生的非特異性產(chǎn)物。

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LGC（Lucigen）：Lucigen公司成立于1998年，提供各類(lèi)用于分子生物學(xué)研究相關(guān)產(chǎn)品，可以使研究者成功克隆較難克隆的基因。2017年Lucigen收購了Epicentre Technologies基因組試劑盒、酶和輔助試劑等產(chǎn)品線(xiàn)，2018年又被英國LGC公司收購，公司合并后改名為 Biosearch technologies，專(zhuān)注于基因組學(xué)研究。目前產(chǎn)品線(xiàn)主要包括：體外轉錄、基因克?。?/span>BAC克隆試劑盒）、感受態(tài)細胞（TG1噬菌體文庫構建感受態(tài)）、體外擴增、轉座子突變、蛋白表達、核酸提取等。