【CoE板塊】趕緊收藏！開(kāi)展流式實(shí)驗必備的網(wǎng)絡(luò )神器 —— OMIP_ISAC

這年頭我們都被AI科技的快速發(fā)展推著(zhù)往前走，作為漫漫科研路上的莘莘學(xué)子，不借點(diǎn)網(wǎng)絡(luò )技能提升工作學(xué)習效率都對不起自己的勞動(dòng)成果。所以，本期CoE中心不談實(shí)操，不談數據，只談一款對大家200%有用的網(wǎng)絡(luò )資源——OMIP_ISAC，相信您只要了解了該資源，便從此離不開(kāi)它。

【什么是OMIPs】

OMIPs，全稱(chēng)為optimized multicolor immunofluorescence panels，自2011年起，在國際流式細胞術(shù)學(xué)會(huì )（ISAC）旗下的《Cytometry PartA》雜志上正式出版。該系列的每一篇文章為經(jīng)過(guò)充分測試和驗證，能應用于特定細胞表征或免疫反應評估的多色免疫熒光面板；每篇文章正文內容占頁(yè)較少，但包含十分豐富的補充材料以說(shuō)明技術(shù)流程和實(shí)驗條件細節，包括但不限于面板設計目的、抗體克隆號選擇、用量滴定、熒光素搭配等，旨在為廣大科研學(xué)者提供一套參考價(jià)值高、可重復性的方案。截止目前，該系列已刊登至OMIP-109（一套含45色指標的深入分析人PBMC樣本細胞亞群的面板），其中大部分覆蓋傳統流式細胞術(shù)（88篇），其余分別覆蓋全光譜流式、質(zhì)譜流式、成像流式等流式技術(shù)；另一方面，文章還涵蓋人、小鼠/大鼠、非靈長(cháng)類(lèi)、牛、豬等不同物種的生物樣本。

圖1：OMIPs系列文章在應用領(lǐng)域、物種和指標數量的統計數據（數據源自OMIP_ISAC網(wǎng)頁(yè)公開(kāi)數據）

當我們點(diǎn)開(kāi)一篇OMIP的時(shí)候，不要驚訝于正文內容只有寥寥幾頁(yè)，精華部分都在Supporting information。因此，同步下載支持文件輔助閱讀才是正確打開(kāi)OMIP的方式，如下圖示，在OMIP-109的文章界面下方有Supporting information一欄（下左圖），當中包含二到多個(gè)文件不等，當中的內容包括作者在設計多色方案時(shí)完成的所有細節測試和策略說(shuō)明（下右圖）。

圖1：OMIP-109文章Supporting Information內容展示（圖片均源自WILEY online Library網(wǎng)頁(yè)文章正文）

【OMIP_ISAC在線(xiàn)數據庫的使用】

那么，如此豐富的資源肯定有一個(gè)在線(xiàn)數據庫供大家查閱、補充和更新，此處為大家逐步介紹如何正確服用這副“流式良藥”。

首先，進(jìn)入OMIP_ISAC數據庫界面后，我們會(huì )看到清晰的7類(lèi)分欄：

分欄1的使用：直接搜索感興趣的特定號碼篇OMIP

在分欄1/OMIP中，我們能通過(guò)左上角的搜索框直接搜索想要跳轉的OIMP-XXX文章，隨后界面會(huì )呈現該篇文章所用樣本類(lèi)型、儀器信息以及指標列表。其中，指標列表中包含了抗體克隆號、貨號、廠(chǎng)商信息、用量、孵育體系、所代表細胞亞群等細節信息;

當點(diǎn)進(jìn)帶綠框的指標，能進(jìn)入另一分欄1/CDMaps Marker expression，這里我們能查閱每個(gè)指標在當篇文章中的不同細胞亞群的表達情況，比較有意思的是，若文中使用了多個(gè)克隆號的同指標抗體，還能看出檢測水平的差異：

分欄2的使用：依據感興趣指標搜索對應OMIP文章

對于沒(méi)有明確想要查閱的OMIP文章，但有感興趣的指標，可以點(diǎn)進(jìn)分欄2/Reagent Table，輸入想搜索的Antigen、Clone、Species等，如human CD3 antigen，此時(shí)界面便列舉出曾在OMIPs系列出現過(guò)的所有相關(guān)條目；這一搜索功能對于想直接看某一貨號產(chǎn)品的文獻使用情況也是很適用哦~

分欄6的使用：依據感興趣細胞群搜索對應OMIP文章

如果指標也不明確，只是想要了解細胞類(lèi)型的話(huà)，那直接進(jìn)入分欄6/Population進(jìn)行細胞亞群搜索也能實(shí)現，如下圖所示搜索與“Macrophage”有關(guān)的OMIP文章：

分欄3的使用：依據感興趣樣本類(lèi)型搜索對應OMIP文章

除了指標和細胞群體搜索，對于感興趣的樣本類(lèi)型也可以直接搜索哦，前面提到OMIPs系列收錄了多個(gè)物種的信息，此處還能進(jìn)一步細化樣本類(lèi)型和處理方式，從而找到更適配的OMIP文章。

分欄4的使用：任意關(guān)鍵詞模糊搜索OMIP文章

如果以上的細化分欄覺(jué)得應用起來(lái)不夠方便，只想通過(guò)單一關(guān)鍵詞做模糊搜索，那么我們可以直接選擇這個(gè)分欄——4/Search Text，在這里可輸入任意細胞、Marker、樣本的詞匯，搜索結果會(huì )出來(lái)一系列相關(guān)的OMIP文章，點(diǎn)進(jìn)一個(gè)bubble即可跳轉獲得該篇文章的具體信息。

怎么樣？這一資源是否直戳您的心趴？事不宜遲，趕緊點(diǎn)進(jìn)網(wǎng)頁(yè)體驗或者一鍵收藏吧~如果覺(jué)得信息有用，按下方小拇指為小編提供更多發(fā)掘好工具的動(dòng)力吧！網(wǎng)頁(yè)鏈接：https://public.tableau.com/app/profile/fanny2212/viz/OMIP_ISAC/Menu

 

如有更多感興趣的流式工具或者實(shí)驗探究，歡迎后臺留言哦~

參考文獻：

1. Roederer M, Tárnok A. OMIPs--Orchestrating multiplexity in polychromatic science. Cytometry A. 2010;77(9):811-812.

2. Park LM, Lannigan J, Low Q,Jaimes MC, Bonilla DL. OMIP-109: 45-color full spectrum flowcytometry panel for deep immunophenotyping of the majorlineages present in human peripheral blood mononuclear cellswith emphasis on the T cell memory compartment. Cytometry.2024;105(11):807–15