染色體的三維結構指的是染色體在空間中的組織方式和構象,它對于基因表達調控和細胞功能至關(guān)重要。染色體通常被認為是一條線(xiàn)性的 DNA 分子,但在細胞核中,它們呈現出復雜的折疊和組織形式,形成了一種高度有序的三維結構。
染色體的三維結構對細胞內基因表達的調控起著(zhù)關(guān)鍵作用。通過(guò)調控染色體上不同區域之間的距離和相互作用,細胞可以精確地控制基因的轉錄和沉默。此外,染色體的三維結構還影響 DNA 復制、修復和重組等重要的細胞過(guò)程。
染色體的三維結構對于理解基因組的功能和調控至關(guān)重要。通過(guò)技術(shù)如染色體構象捕獲和單細胞染色體構象分析,科學(xué)家們能夠揭示染色體在空間中的組織方式,以及基因之間的相互作用。這有助于我們更深入地了解基因表達調控、染色體異常和疾病發(fā)生的機制。
Arima Hi-C 是一種高通量測序技術(shù),用于研究染色體的三維結構。其原理基于染色體構象捕獲(chromosome conformation capture,3C)技術(shù)的擴展。其核心是鄰近連接,即通過(guò)交聯(lián)核 DNA、用限制性酶消化、生物素標記,并在使用標準 NGS 方法進(jìn)行測序之前進(jìn)行鄰近連接。這使您可以在一次檢測中捕獲關(guān)鍵的三維基因組組織和長(cháng)距離遺傳信息。
1. Cross-linking(交聯(lián)):首先,細胞中的染色體被交聯(lián),使得距離較近的染色體區域之間形成交聯(lián)。這可以通過(guò)使用染色體交聯(lián)劑(cross-linking agent)如福爾馬林來(lái)實(shí)現。
2. Digestion(消化):然后,染色體被酶消化,將交聯(lián)的染色體切割成小片段。這樣做可以保留交聯(lián)的區域,同時(shí)消除其余的連接。
3. DNA端連接(Ligation):接下來(lái),利用連接酶(ligase)將距離較近的交聯(lián)片段的DNA末端連接起來(lái),形成一個(gè)連接的染色體分子。
4. 逆交聯(lián)(De-crosslinking):之后,通過(guò)逆轉交聯(lián),將交聯(lián)的染色體分子恢復為單個(gè)DNA鏈。
5. 測序(Sequencing):最后,對連接的DNA進(jìn)行高通量測序,得到染色體上各個(gè)區域之間的相互作用頻率。
Arima Genomics 的 Hi-C 產(chǎn)品具有以下特點(diǎn):
1. 高質(zhì)量的測序數據:Arima Genomics 的 Hi-C 產(chǎn)品提供高質(zhì)量的測序數據,能夠捕獲染色體間和染色體內的相互作用,從而提供詳細的染色體三維結構信息。
2. 全基因組覆蓋:其產(chǎn)品覆蓋全基因組范圍,能夠對染色體上的各個(gè)區域之間的相互作用進(jìn)行全面的分析。
3. 優(yōu)化的實(shí)驗流程:Arima Genomics 提供了優(yōu)化的實(shí)驗流程和試劑盒,簡(jiǎn)化了 Hi-C 實(shí)驗的操作步驟,提高了實(shí)驗效率和可重復性。
4. 專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析支持:除了提供實(shí)驗試劑盒,Arima Genomics 還提供了專(zhuān)業(yè)的生物信息學(xué)分析支持,幫助研究人員對 Hi-C 數據進(jìn)行分析和解釋。
Arima Genomics 成立于2015年,專(zhuān)注于開(kāi)發(fā)高通量測序技術(shù)以及生物信息學(xué)分析工具,其 Hi-C 產(chǎn)品在染色體三維結構研究領(lǐng)域備受關(guān)注。Arima的目標是通過(guò)3D基因組的力量推進(jìn)生命科學(xué),促進(jìn)對基因組順序和結構及其對人類(lèi)健康、疾病、物種演化作用的理解。